Ra đời từ năm 1925 với tên gọi ban đầu là Viện Pasteur Hà Nội. Đến năm 1961, Bộ trưởng Bộ Y Tế quyết định sát nhập Viện Vi trùng và Viện Vệ sinh thành Viện Vệ sinh dịch tễ học. Trải qua thời gian dài thành lập và phát triển, đến năm 1998, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung Ương chính thức trở thành cơ quan nghiên cứu triển khai khoa học và công nghệ thuộc Bộ Y Tế. Viện Vệ sinh dịch tễ Trung Ương có chức năng nghiên cứu về dịch tễ học, vi sinh y học, miễn dịch học và sinh học phân tử. Ngoài ra, cơ sở còn là nơi phát triển các loại vắc xin phòng ngừa mới cũng như các chế phẩm sinh học.

Đây cũng là đơn vị thường xuyên đưa ra tư vấn và đề xuất với Bộ Y Tế về các chiến lược, biện pháp y học dự phòng nhằm hạn chế và phòng ngừa các bệnh lý mới, nguy hiểm. Hiện tại, Viện cũng đang là cơ quan quản lý và chỉ đạo chương trình Tiêm chủng mở rộng Quốc gia và luôn là địa chỉ tin cậy với các dịch vụ tư vấn tiêm chủng.