Bệnh viện Y học cổ truyền thành phố Hồ Chí Minh là bệnh viện thuộc sự quản lý của Sở y tế, bệnh viện Y học cổ truyền thành phố Hồ Chí Minh được xem là bệnh viện đầu ngành về Y học cổ truyền ở khu vực miền Nam và là tuyến cuối về Y học cổ truyền của các tỉnh phía Nam.

Trước năm 1975, bệnh viện là một nhà bảo sanh của Bộ trưởng Bộ Y tế của chế độ cũ với 30 giường bệnh. Sau khi miền Nam hoàn toàn giải phóng, nhà bảo sanh này được Nhà nước Cộng hòa xã hội Chủ nghĩa Việt Nam tiếp quản và được đổi tên thành “Bệnh viện Đông Y miền Nam”, hoạt động dưới sự quản lý của Bộ Y tế.

Đến năm 1979, Bộ Y tế chuyển giao bệnh viện lại cho Sở Y tế thành phố Hồ Chí Minh quản lý và được đổi tên thành “Bệnh viện Y học dân tộc”. Từ đây, nó được xây dựng và phát triển để biến nó thành một bệnh viện chuyên khoa hạng II đi đầu trong lĩnh vực Y học cổ truyền, kết hợp Y học cổ truyền và Y học hiện đại vào thăm khám và chữa bệnh.

Ngày 14/ 7/ 1999, theo Quyết định số 4019/QĐ-UB-VX Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh cho phép đổi tên Bệnh viện Y học dân tộc thành Bệnh viện Y học cổ truyền và hoạt động dưới sự quản lý của Sở y tế thành phố Hồ Chí Minh.