Tiền thân của bệnh viện Răng Hàm Mặt Trung ương TP. HCM là 2 khu điều trị nội trú (trại 52) và khu điều trị ngoại trú (trại 36) nằm trong bệnh viện Chợ Rẫy. Còn cơ sở hạ tầng bệnh viện lại được tiếp quản từ khu phẫu thuật tạo hình Barsky xây dựng trước năm 1975. Đến năm 1990, khoảng 10 năm sau khi thành lập viện, trang thiết bị và cơ sở hạ tầng gần như chưa được đổi mới. Vào khoảng cuối năm 1993, toàn viện chỉ có 12 ghế máy Nha khoa hiện đại, còn các trang thiết bị còn lại vẫn gần như thiếu thốn nghiêm trọng.

Tháng 5/2003, Viện được đổi tên thành bệnh viện Răng Hàm Mặt Trung Ương TP. HCM. Tháng 11/2004, Bộ trưởng Bộ Y tế ký quyết định ban hành điều lệ tổ chức và hoạt động của bệnh viện và theo đó các chức năng, nhiệm vụ và phạm vi hoạt động được mở rộng. Đây cũng là giai đoạn bệnh viện bắt đầu triển khai Điều trị nha khoa tổng quát với 10 ghế nha khoa và trang bị hiện đại. Đến nay, trang thiết bị khoa phòng đã được đổi mới hoàn toàn nhằm đáp ứng nhu cầu khám chữa bệnh.

Cho đến nay, bệnh viện đã có gần 40 năm hoạt động trên lĩnh vực Răng hàm mặt. Cơ sở hạ tầng, trang thiết bị bệnh viện cũng đã được thay đổi hoàn toàn. Ngoài ra, bệnh viện đã mở rộng thêm 1 khu nhà 3 tầng với các khoa phòng mới và mở rộng thêm khu nha khoa lâm sàng, khu phẫu thuật hàm mặt tạo hình. Bên cạnh đó, bệnh viện cũng chú trọng trong việc mở rộng khu chẩn đoán hình ảnh, khu tiếp bệnh trung tâm và xét nghiệm đồng thời bố trí lại vị trí khoa phòng sao cho hợp lý hơn.